Gói thầu xây lắp A được phê duyệt KHLCNT với thời gian thực hiện gói thầu là 120 ngày. Trong quá trình thực hiện Hợp đồng, do có phát sinh dẫn tới thời gian thực hiện gói thầu bị kéo dài thành 180 ngày. Trong trường hợp này, chủ đầu tư xử lý như thế nào?